Учреждение было создано как Государственное образовательное учреждение Областная Басандайская специальная (коррекционная) школа-интернат VI вида в соответствии с Постановлением Главы администрации (губернатора) Томской области № 96 от 17 марта 1999 г.
26 февраля 2006 года школа была переименована в Областное государственное образовательное учреждение «Специальная (коррекционная) общеобразовательная школа-интернат VI вида для обучающихся, воспитанников с отклонениями в развитии «Басандайская жемчужина».
Согласно Приказу № 1081 Департамента общего образования Томской области от 08 ноября 2007 года данное Учреждение было переименовано в Областное государственное образовательное учреждение «Специальная (коррекционная) общеобразовательная школа-интернат VI вида для обучающихся, воспитанников с ограниченными возможностями здоровья «Басандайская жемчужина». Затем переименовано в Областное государственное казенное образовательное учреждение «Специальная (коррекционная) общеобразовательная школа-интернат VI вида для обучающихся, воспитанников с ограниченными возможностями здоровья «Басандайская жемчужина» (Изменения в Устав утверждены Распоряжением Департамента общего образования Томской области от 17.01.2011 № 16-р).
На основании распоряжения Департамента общего образования Томской области от 05 апреля 2011 г. № 206-р переименовано в Областное государственное казенное образовательное учреждение для детей, нуждающихся в психолого-педагогической и медико-социальной помощи «Центр психолого-медико-социального сопровождения и дифференцированного обучения».
В соответствии с Распоряжением Департамента общего образования Томской области от 09 декабря 2011 № 735-р Учреждение переименовано в Областное государственное казенное образовательное учреждение для детей, нуждающихся в психолого-педагогической и медико-социальной помощи «Центр психолого-медико-социального сопровождения».
25 декабря 2015 г. школа получила свое сегодняшнее наименование.
Все переименования и изменения в Уставе учреждения были осуществлены в соответствии с законодательством и решениями Администрации Томской области.